Un nuevo golpe militar quebró el orden democrático el 28 junio de 1966. En una de sus primeras medidas, en la madrugada del viernes 29, la Guardia de Infantería y la Policía Federal ingresaron a varias facultades de la ciudad de Buenos Aires armadas con pistolas lanza gases y bastonazos, golpeó y detuvo a estudiantes y docentes. El epicentro de la Noche de los Bastones Largos fue la Manzana de las Luces, donde en ese momento se encontraban la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, pero también hubo represión en la Facultad de Filosofía y Letras y la de Arquitectura.

Durante los años previos se había vivido un proceso reformista que se conoce como la Época de Oro, porque la Universidad de Buenos Aires aprobó su Estatuto Universitario en 1958. La UBA creó la Ciudad Universitaria, el Instituto de Cálculo y desarrolló proyectos como la editorial Eudeba, que vendía libros a precios populares, en el marco de un proyecto de formación crítica y se fomentó la investigación.

En paralelo a este proceso comenzó a crecer la politización entre los estudiantes, cada vez con mayor participación en la vida política del país, por lo que los sectores conservadores atados a un modelo productivo primario agroexportador se alertaron.

Entonces se decretó la intervención a las universidades nacionales y cientos de profesores, estudiantes y personal no docente decidieron ocupar distintos edificios de las facultades en defensa de la autonomía universitaria y la libertad de cátedra.

Esa noche 400 estudiantes y profesores fueron detenidos. 1.378 docentes renunciaron o partieron al exilio al igual que todos los decanos de la UBA. Unos 301 emigraron: 215 científicos y 86 investigadores. También hubo innumerables heridos y la consecuencia general fue un profundo cambio en el sistema educativo. y la expulsión de los profesores opositores. Entre despidos y renuncias, se perdieron 700 de los mejores profesores en una de las tantas fugas de cerebros que padeció la Argentina.