Carlos Mugica nació en un coqueto departamento de Barrio Norte el 7 de octubre de 1930. Era uno de los siete hijos del matrimonio de Adolfo Mugica y de Carmen Echagüe. Su padre fue un político conservador, fundador del Partido Demócrata Nacional, por el cual fue diputado y ministro de Relaciones Exteriores de Frondizi. Su madre era parte de una familia de terratenientes adinerados de Buenos Aires.

En 1949 ingresó a la Facultad de Derecho de la Universidad de Buenos Aires, donde cursó la carrera de abogacía hasta tercer año.​ En 1950 viajó a Roma con varios sacerdotes, experiencia que lo llevó a madurar la idea de ser sacerdote. En marzo de 1952, con 21 años, ingresó en el Seminario Metropolitano de Buenos Aires.

Carlos Mugica había sido educado en una familia antiperonista de clase alta, que le transmitió de niño los prejuicios y estereotipos con que el antiperonismo rechazaba y denigraba al movimiento peronista. Él mismo celebró el golpe de Estado de septiembre de 1955.

Pero fue al año siguiente que su visión de la realidad política daría un giro completo y comienza a adherir fervientemente al peronismo. Según su propio relato sucedió en el conventillo de la calle Catamarca, al que iba semanalmente: “una noche, fui al conventillo como de costumbre. Tenía que atravesar un callejón medio a oscuras y de pronto, bajo la luz muy tenue de la única bombita, vi escrito, con tiza y en letras bien grandes: ‘Sin Perón, no hay Patria ni Dios. Abajo los cuervos’”. Yo fui antiperonista hasta los 26 años y mi proceso de acercamiento al peronismo coincidió con mi cristianización.

En noviembre de 1957 escribió su primera obra: «El católico frente a los partidos políticos», para la revista del Seminario.

En Acción Católica su presencia muchos estudiantes lo tomaron como referente. Particularmente Gustavo Ramus, Fernando Abal Medina y Mario E. Firmenich, futuros fundadores de Montoneros.​

En el marco del Concilio Vaticano II surgieron también otras dos corrientes a las que se ligaría Mugica: el Movimiento de Sacerdotes para el Tercer Mundo, creado en 1967, y la teología de la liberación, como modalidad teológica latinoamericana y latinoamericanista, surgida a partir de la II Conferencia General del Episcopado Latinoamericano realizada en Medellín en 1968, que redactó el Documento de Medellín, en el que se formuló por primera vez la opción por los pobres.

En este marco de transformación de la Iglesia católica, a nivel mundial, latinoamericano y nacional, se desarrollaría la acción pastoral y el compromiso político de Mugica, en los ocho años que van de 1966 a 1974, con dos etapas bien marcadas.

A fines de 1967 viajó a Bolivia para reclamar por los restos del Che Guevara, que había sido asesinado por el gobierno boliviano poco antes sin darle cristiana sepultura y haciendo desaparecer el cadáver. Sin poder obtener una respuesta favorable del gobierno boliviano siguió se dirigió a Francia.

La opción por los pobres

El 31 de diciembre, ya en Francia, Mugica fue uno de los 270 sacerdotes que adhirieron al Mensaje de los 18 Obispos del Tercer Mundo que liderados por el obispo brasileño Hélder Cámara, habían redactado el 15 de agosto anterior, para apoyar el «llamado angustioso del Papa Pablo VI en la encíclica Populorum Progressio.​ Poco después sumaban 400 los sacerdotes argentinos que adhirieron al documento -un 10% de los sacerdotes del país,​ tomando el nombre Movimiento de Sacerdotes para el Tercer Mundo (MSTM) y conformaron un Comité organizador.

En octubre, luego de once meses en el exterior, regresó a la Argentina y participó de una reunión del Movimiento de Sacerdotes para el Tercer Mundo (MSTM).​ Se entera también que fue desplazado de la capellanía de las monjas del Mallinckrodt, debido a sus posturas, para ser reemplazado por un sacerdote preconciliar y capellán castrense. Pero de inmediato se le presentó la oportunidad de abrir una capilla en la Villa 31 de Retiro. Se puso de inmediato en la tarea de construir, con la ayuda económica de su hermano Alejandro, la capilla Cristo Obrero, desde donde ejercería la mayor parte de su actividad pastoral. Sin perjuicio de ello, se desempeñó también como vicario en la parroquia San Francisco Solano, secundando a su amigo el padre Jorge Vernazza.

Las insurrecciones populares masivas y sus vínculos con las organizaciones guerrilleras generaron un debate en el seno del MSTM y en particular llevaron al padre Mugica a la necesidad de adoptar una decisión sobre la lucha armada y muy especialmente sobre su eventual participación activa en Montoneros, que había adoptado una fuerte definición católica-peronista y que estaba liderada por los jóvenes (Ramus, Abal Medina, Firmenich) que él había guiado en el compromiso cristiano con la lucha de los pobres, el peronismo y la «revolución». En esa situación Mugica adoptó una postura de justificación de la lucha guerrillera contra la dictadura (sin la cual él mismo sostuvo no se hubiera podido llegar a elecciones libres), pero al mismo tiempo renunció a ser parte de la misma, porque «estaba dispuesto a morir, pero no a matar». Por su parte, la mayoría de MSTM adoptó una postura similar, aunque un grupo de sacerdotes consideraron que era su deber de cristianos actuar como capellanes de los grupos guerrilleros.

El 7 de septiembre de 1970 mueren en un enfrentamiento con la policía, los líderes montoneros Gustavo Ramus y Fernando Abal Medina. Mugica es quien oficia el funeral. Como consecuencia de sus palabras en el entierro de los dirigentes montoneros abatidos, fue detenido por incitación a la violencia y sancionado por la Curia con la suspensión de su licencia ministerial por un mes.

En junio de 1972 fue entrevistado por la revista Siete Días en un extenso reportaje titulado «Un cura se confiesa», que comienza diciendo: «Fue muchas veces señalado como un sacerdote subversivo».

Poco antes de finalizar el año ’72, Perón publicó una solicitada anunciando que, teniendo en cuenta que la dictadura había reconocido públicamente que no había causas contra él, había decidido volver a la Argentina el 17 de noviembre.​ Los organizadores del retorno tomaron la decisión de realizar el vuelo de regreso de Perón en un avión chárter. Fueron seleccionadas 153 personas de todos los sectores del peronismo, encabezadas por Héctor Cámpora. Entre ellas, como integrantes del MSTM estuvieron Carlos Mugica y Jorge Vernazza.

El 6 de diciembre de 1972, a instancias de Carlos Mugica, sesenta integrantes del Movimiento de Sacerdotes para el Tercer Mundo fueron recibidos por Juan Domingo Perón en su residencia de Vicente López.

En los meses previos a las elecciones de marzo de 1973, Mugica recibió la oferta de encabezar la lista de diputados nacionales del Frejuli por la Ciudad de Buenos Aires. La candidatura fue discutida en el seno del Movimiento de Sacerdotes para el Tercer Mundo, que tomó la decisión de no participar en cargos electivos. Mugica ingresó entonces como asesor ad honorem del Ministerio de Bienestar Social, para impulsar el trabajo en las villas miseria y la construcción de viviendas dignas. Antes de que asumiera Cámpora como presidente, Perón le había ofrecido el Ministerio a Montoneros, con la esperanza que abandonaran las armas y se concentraran en la política social.​ Pero Montoneros rechazó el ofrecimiento (“nosotros vinimos a hacer la revolución, no a repartir colchones”) y el Ministerio fue a parar a manos de José López Rega, miembro de la logia anticomunista Propaganda Due y futuro jefe de la organización parapolicial Triple A, que asesinaría a Mugica un año después.

Con la asunción del gobierno de Cámpora, Mugica comienza a discrepar sobre la decisión de Montoneros de no desarmarse y la del ERP de continuar la lucha armada. Mugica consideraba que la violencia armada había sido justa y necesaria para oponerse a la dictadura pero ahora pensaba que era indispensable cesar en el uso de la violencia. El 28 de agosto de 1973 renunció a su cargo de asesor ad honorem en el Ministerio de Bienestar Social, enfrentado con el ministro -y futuro jefe de la Triple A- López Rega por el enfoque de la política de erradicación de las villas miseria, ya que proponía que las viviendas fueran construidas por los propios villeros organizados en cooperativas populares, mientras que el plan de López Rega era contratar a una empresa privada para realizar las obras.​ Los ataques y cuestionamientos contra el padre Mugica recrudecieron, tanto desde la derecha como desde la izquierda.

El 7 de septiembre de 1973, Mugica pronunció el sermón en una misa de conmemoración del tercer aniversario de la muerte de los líderes montoneros Abal Medina y Ramus. Su mensaje tuvo como contexto el ataque al Comando de Sanidad por parte del Ejército Revolucionario del Pueblo (ERP) el día anterior, en plena campaña electoral que llevaría a Juan Domingo Perón a su tercera presidencia. En esa oportunidad Mugica volvió a insistir ante los militantes montoneros y de la Juventud Peronista en la necesidad imperiosa de «dejar las armas para empuñar los arados.

El 1 de noviembre de 1973 Mugica fue entrevistado para una película sobre los Sacerdotes del Tercer Mundo, defendió el socialismo, como un modelo más cercano al ideal de la vida cristiana.​

Carlos Mugica instó a la paz y a apoyar al gobierno constitucional de Perón. Se le atribuye un ascendente destacado sobre la juventud militante, y la participación en la conformación de la «JP Lealtad».​

El asesinato

El 11 de mayo de 1974, después de las 8 de la noche, fue emboscado cuando se disponía a subir a su auto Renault 4 azul estacionado en la puerta de la iglesia de San Francisco Solano de la calle Zelada 4771 en el barrio porteño de Villa Luro donde acababa de celebrar misa. Mugica estaba acompañado de su amigo, Ricardo Capelli. Fueron atacados con armas de fuego por dos hombres: Mugica recibió cinco balazos de frente disparados con una ametralladora, mientras que Capelli recibió cuatro. Los testigos del hecho, en particular Capelli, identificaron como autor material a Eduardo Almirón, un policía miembro de la Triple A, que había estado sentado en los bancos traseros de la iglesia, mientras Mugica celebraba la misa. Tanto Capelli como Mujica conocían al asesino, porque trabajaba como guardaespaldas del ministro José López Rega en el Ministerio de Bienestar Social, donde también habían trabajado ellos hasta poco meses antes. ​​

Ambos fueron trasladados al hospital Juan F. Salaberry —hoy plaza Salaberry donde una placa recuerda a Mugica— del vecino barrio de Mataderos.

La operación de Mugica duró aproximadamente dos horas, pero por la gravedad y cantidad de las heridas sus posibilidades de sobrevivir eran muy pocas. ​ El doctor Larcade ha contado que el parte quirúrgico y la historia clínica que confeccionó inmediatamente después de la operación, desaparecieron y que nunca fue citado a declarar, algo completamente inusual cuando se trataba de muertes violentas. ​ Capelli fue trasladado a Rawson donde recibió la visita de Jorge Conti, yerno de José López Rega, acto que Capelli tomó como una amenaza de muerte. A partir de ese momento Capelli fue perseguido, amenazado e incluso mantenido como detenido-desaparecido en 1978. ​

El crimen no fue investigado judicialmente. Recién en 2007, más de treinta años después, se abrió la investigación. Montoneros difundió de inmediato un comunicado, publicado en los periódicos del 13 de mayo de 1974 negando la autoría del hecho e imputaba el mismo a “las bandas armadas de derecha”.

Rodolfo Almirón, policía y miembro del grupo parapolicial de extrema derecha Triple A, fue reconocido por Ricardo Capelli, baleado en el mismo atentado, como el asesino del padre Mugica.

​Ricardo Capelli, baleado en el mismo atentado, identificó a Almirón, a quien ya conocía por haber trabajado en la misma repartición oficial, como la persona que efectuó los disparos contra Mugica. Basándose en dicha declaración, el 12 de julio de 2012 el juez Norberto Oyarbide emitió una declaración en la que hizo público que «Rodolfo Almirón fue el autor inmediato del homicidio de Mugica, en el marco del accionar delictivo de la Triple A». Almirón había sido extraditado desde España y murió en la Argentina en 2009, tras haber pasado detenido en prisión un breve lapso y ser beneficiado con el arresto domiciliario. ​