Carlos Mugica nació en Buenos Aires el 7 de octubre de 1930. Era uno de los siete hijos del matrimonio de Adolfo Mugica —fundador del Partido Demócrata Nacional, por el cual fue diputado durante el período 1938-1942, y Ministro de Relaciones Exteriores del Gobierno de Arturo Frondizi en 1961— y de Carmen Echagüe —hija de terratenientes adinerados de Buenos Aires—.​ Cursó sus estudios secundarios en el Colegio Nacional de Buenos Aires, del que egresó en 1948.​ Luego tuvo un paso fugaz por la Facultad de Derecho de la Universidad de Buenos Aires. Mugica fue criado en una familia antiperonista, católica y de terratenientes adinerados y descendientes del gobernador Pascual Echagüe. Al cumplir los 20, en 1950, viajó a Europa con varios sacerdotes amigos, entre ellos Alejandro Mayol, quien luego sería integrante del Movimiento de Sacerdotes para el Tercer Mundo. Fue una experiencia fundacional, ya que de regreso en la Argentina abandonó Derecho, tras haber cursado dos años, e ingresó al Seminario Metropolitano de Buenos Aires para iniciar su carrera sacerdotal.

En octubre de 1965 participó de las jornadas “Diálogo entre católicos y marxistas”, en la Facultad de Filosofía y Letras de la UBA y conoció a Gustavo Ramus, Fernando Abal Medina y Mario Firmenich, futuros fundadores de la organización Montoneros, desde su rol como asesor de la Juventud de Acción Católica en el Nacional Buenos Aires, donde habían estudiado. Durante su vínculo tendrían diferencias con respecto al uso de la violencia en la lucha revolucionaria.

En la Argentina comenzó a formarse el Movimiento de Sacerdotes para el Tercer Mundo cuando un grupo de curas de Buenos Aires hizo circular el Manifiesto de los 18 Obispos de Hélder Câmara. Entonces, Mugica estaba en Europa, donde vivió el “Mayo Francés” y visitó al general Perón en Puerta de Hierro. Luego viajó a Cuba, a instancias de John William Cooke . Su visión del cristianismo y los contactos políticos y religiosos acumulados a lo largo de ese año, conjuraron para que, de regreso a la Argentina, Mugica se convirtiera en un miembro destacado del MSTM. Además había perdido su lugar en la capellanía de la escuela Paulina de Mallinkrodt, y entonces se trasladó a una capilla en la Villa de Retiro. Allí fundó la capilla Cristo Obrero, donde lo visitaría más adelante Juan Domingo Perón, ya en su cargo de presidente. En 1970, ofició el funeral de Fernando Abal Medina y Carlos Ramus, los líderes montoneros, y eso le valió una detención de una semana y la suspensión de su licencia ministerial por un mes, determinada por el Arzobispado de Buenos Aires.

En una entrevista realizada por la revista 7 Días, en 1972, dijo: “Del Evangelio no podemos sacar en conclusión que hoy, ante el desorden establecido, el cristiano deba usar la fuerza. Pero tampoco podemos sacar en conclusión que no deba usarla. Cualquiera de las dos posiciones significaría ideologizar el Evangelio, que más que una ideología es un mensaje de vida. Pasará Marx, pasará el Che Guevara, pasará Mao, y Cristo quedará. Por eso pienso que es tan compatible con el Evangelio la posición de un Luther King como la ideología de un Camilo Torres”. Durante el gobierno de Héctor Cámpora, el sacerdote asumió un cargo no rentado como asesor del Ministerio de Bienestar Social, pero lo dejó tiempo después por diferencias con José López Rega.

Era una fresca noche de sábado cuando Carlos Mugica salía de la iglesia de San Francisco Solano, del barrio de Mataderos. Había dado misa y mantenido una reunión con un grupo de preparación al matrimonio. Caminaba junto a Ricardo Capelli y María del Carmen Artecos hacia su auto, un Renault 4-L azul, que estaba estacionado junto a la iglesia pero antes de que pudiera subir un hombre delgado y de bigote se bajó de otro auto y abrió fuego. Con una sola intención, el asesinato, le disparó veinte veces con una ametralladora Ingram M-10. De los quince tiros que acertó, varios le perforaron el abdomen y un pulmón. En medio del caos, el padre Vernazza salió de la iglesia, le dio los últimos sacramentos. Lograron trasladarlos al Hospital Salaberry, donde una enfermera lo escuchó decir justo antes de morir: “Nunca más que ahora debemos permanecer unidos junto al pueblo”.

Mientras continuaba su labor en la parroquia y contribuía a la organización del barrio, promoviendo la unión entre los vecinos y el armado de cooperativas, la situación política del país se volvía cada día más violenta. La presidencia de Estela Martínez de Perón le otorgó más poder a López Rega, artífice de la creación de la nefasta Triple A, que le pondría fin a la vida del cura villero, pero nunca a su legado.